1521年3月,他们终于又一次看见陆地。麦哲伦把这个地方命名为“盗匪之地”,因为当地的土著居民看见什么偷什么。之后,他们继续西行,离他们梦寐以求的香料群岛越来越近。
他们再次看见了陆地。这是由一群孤独岛屿组成的群岛。麦哲伦用他的主人查理五世的儿子菲利普二世的名字,给这里取名为“菲律宾”。但是菲利普二世在历史上并没有留下什么光彩愉快的记录,西班牙“无敌舰队”的全军覆没恰恰是他的手笔。在菲律宾,麦哲伦一开始受到了友好热情的接待,但是当他准备用大炮逼迫当地居民信奉基督教时,他受到了反抗。土著们杀死了麦哲伦与他的很多船长船员。幸存的海员烧毁了剩余三艘船只中的一艘,继续往西航行。他们最终到达摩鹿加,也就是著名的香料群岛。他们还发现了婆罗洲(即今天的印尼加里曼丹岛),抵达了蒂多尔岛。在此,剩余的两艘船中的一艘因为漏水严重,只能连船员一起留在当地。唯一幸存的“维多利亚”号在船长塞巴斯蒂安·德尔·卡诺的带领下,开始穿越印度洋,很惋惜地错过了发现澳大利亚北部海岸的机会(直到17世纪初期,一艘荷兰东印度公司的船只才发现了这片平坦荒芜的土地)。最后,历经艰辛,他们返回了西班牙。