玄既入京称诏戒严,自为丞相,总百揆,都督中外、录尚书事、扬州牧。复让丞相而为太尉,以兄弟桓伟为荆州刺史,桓修为徐、兖刺史,桓石生为江州刺史,卞范之为丹阳尹,王谧为中书令。徙会稽王道子于安成郡,斩元显、尚之、庚楷、张法顺十余人。以刘牢之为会稽内史。牢之惊曰:“如尔,便夺我兵,祸其至矣!”子敬宣劝牢之袭玄,牢之犹豫。告刘裕曰:“今当北就高雅之于广陵,举兵以匡社稷,卿能从我乎?”
裕曰:“将军以劲卒数万,望风降附,彼新得志威震天下,朝野人情,皆已去矣。广陵何得至耶?裕当反服,还京口耳。”
退谓无忌日:“吾观镇北,祸必不远。卿可随我还京口,玄若守臣节,当与卿事之;不然当与卿图之。”于是牢之大集僚佐,议据江左以讨玄。参军刘裕曰:“事之不可来,莫大于反,将军往年,反至兖州,近日反司马郎君,今复反桓玄,一人三反,何以自立?”语毕趋出,佐吏各散走。牢之惧擒,率部曲北走至新洲,自缢而死。