双方争论十余天，互不相让。各总兵、海道承姚启圣的嘱咐，力劝施琅权依督臣之议。五月十六日，宁海将军喇哈达、侍郎吴努，到达铜山，闻悉督、提意见分歧，他们立即作出“平海事关重大，奉旨督提同心，岂可各执己见，当请展期”的决定。施琅因不便违抗，不得不听从姚启圣等人，这实非他的本意。
施琅为了进一步了解敌情和选定出征日期，即遣赶缯快船二十三只，令随征总兵董义等率领船队前往澎湖侦察。船队于六月初四日黎明从古雷出发，初五日下午至澎湖，在花屿前湾泊，初六日黎明船队进抵狮屿头，瞭见刘国轩等人的船只通通布列在娘妈宫前。郑军一发现清军，立刻从西屿头、八罩山分别发出大小战船三十余只追击。董义忙命各船归腙返回，初七日入境，初八日顺利抵达厦门。这次，施琅遣发哨船侦探，来去无阻，既摸清了敌情，又证实乘南风进取显见成效，这更增强了他的信心。
其实，姚启圣、施琅两人的分歧，关键在于各自对形势的不同估计及对待剿抚有别的深层矛盾上。
姚启圣十分重视招抚工作，他出任总督后，便颁发招抚赏格十款，凡不同形式的投诚官兵与出面招抚人员，以其贡献大小，一一给予不等的奖励。对投诚官兵的安置工作，也做了具体规定。为了使招抚活动经常化，还特地建立修来馆，派员专门负责收纳投诚将士。此外，他又不时派间谍潜入澎、台，在郑军内部进行策反。他曾给郑宾客司傅为霖、续顺公沈瑞送去绫札重赏，策动傅为霖等纠联十一镇兵力协谋内应。在傅为霖等谋叛失败后，姚启圣还上疏请求给谋反将士于常格之外，量加忧恤，以感召更多的郑军官兵起来反叛。