不久之后，同为维新三杰之一的西乡隆盛，也就是银魂里的那位西乡特盛的原型，在萨摩（鹿儿岛县）掀起了日本近代规模最大的叛乱——西南战争。
战争爆发之后，木户孝允是第一个要求明治政府立刻派兵围剿，将这场动乱扼杀在萌芽之中的人，在那个时候，伊特博文和大久保利通都是持“看看再说”的观望态度，可就是长期以来一直扮演柔和保守派角色的木户孝允，却意外地铁血了一把，仿佛又让人看到了京都时代那个站在天诛最前线的桂小五郎的影子。
“如果不能及时控制萨摩的局势，那么这个国家将会走向灭亡的地狱。”当陈述理由的时候，他这么说道。
只有在这个时候，旁人才会猛然想起，这位当年有着桂跑跑之称的家伙，其实是一个不折不扣的剑道高手。嘉永五年（1852），他在江户三大道馆之一的练兵馆修行剑道，当时的掌门是著名剑豪，人称力之斋藤的斋藤九郎。对于这个身材高大却一点也不见笨重的门生，斋藤九郎极为器重，入门的当年，桂小五郎就获得了神道无念流的资格证书，第二年还当上了练兵馆的塾头，并且和大村藩的一个叫渡边升的一起被合称为“练兵馆双璧”。